Unterschutzstellung
1977 stellte die Bezirksregierung 51 ha aus dem Bookhofer Moor unter Schutz. 1978/79 begannen Landkreis und Bezirksregierung mit den Bemühungen zur Unterschutzstellung der gesamten Restflächen. Sie stießen zunächst auf verständlichen Widerstand der Besitzer, die mit der Unterschutzstellung jede Nutzung ihrer Flächen verlieren würden. Deshalb versuchten die staatlichen Stellen in der Folge, die Moorflächen aufzukaufen. Vom Naturschutzgebiet Hahnenmoor liegen 407 ha im Landkreis Emsland. 235 ha davon befinden sich heute im Besitz des Landes Niedersachsen oder – in geringerem Maße – des Landkreises Emsland.
Ein weiteres Hindernis waren die Torfabbauverträge des Torfwerks Hahnenmoor, die dem Werk Abbaurechte sicherten. Das Torfwerk hatte es allerdings versäumt, eine nach dem Bodenabbaugesetz von 1972 erforderliche Neugenehmigung zu beantragen. Einen später nachgereichten Abbauantrag lehnte der Landkreis deshalb ab. Genehmigt wurde 1984 nur noch der befristete Abbau auf einer Fläche von 35 ha. Nach der vorläufigen Unterschutzstellung von 1980 erklärte 1984 die Bezirksregierung das Hahnenmoor in der Größe von 620 ha zum Naturschutzgebiet.
Rückentwicklung und Wiedervernässung
Nach der Unterschutzstellung konnten dann praktische Schritte der Rückentwicklung zum „echten“ Hochmoor unternommen werden. Wichtigste Maßnahme war dabei, die Wiedervernässung der Moorflächen durch Niederschläge einzuleiten, um den Torfmoosen die ihnen gemäßen Wachstumsbedingungen zu bieten. Zu diesem Zweck wurden alle Moorgräben am Rande des Naturschutzgebietes so abgedichtet, dass kein Wasser aus dem Moor abfließen und kein nährstoffreiches Wasser aus benachbarten kultivierten Flächen einfließen kann. Ein weiterer Schritt war die Bekämpfung des Baum- und Strauchwuchses. Neben der Entkusselung von Hand leistet hierbei die Schafherde im Hahnenmoor gute Dienste.